Der Ursprung der musealen Sammlung geht auf den 1887 gegründeten Ravensburger Kunst- und Altertumsverein zurück. Dieser bürgerliche Verein begann damals bewahrenswerte Objekte aus Ravensburg und der Region zusammenzutragen und stellte diese ab 1912 im Alten Theater gemeinsam mit der Sammlung des Naturkundlichen Vereins öffentlich aus. Damit wurde in Ravensburg das erste Museum begründet.
Präsentiert wurde dort ein universeller und breit gefächerter Sammlungsbestand: von spätgotischen Skulpturen (Leihgaben aus der Sammlung des Ravensburger Bildhauers Theodor Schnell), Altartafeln, Gemälden und Druckgrafiken, Einzelobjekten aus reichsstädtischer Zeit, über naturkundliche und botanische Artefakte, Objekte außereuropäischer, teils kolonialer Herkunft, bis hin zu Gebrauchsgegenständen und zeitgenössischem Kunsthandwerk.
In der Zeit des Nationalsozialismus nahm die Konzeption des Museums und der Sammlung eine entscheidende Wendung unter ideologischen Vorzeichen. 1934 erfolgte zunächst die Umbenennung der Vereinssammlung in „Heimatmuseum“, 1938 ging die Sammlung des Kunst- und Altertumsvereins in den Besitz der Stadt über. Die geologische und die naturkundliche Sammlung wurde aus dem Museum ausgegliedert, Leihgaben zurückgegeben. 1941 wurde das Museum kriegsbedingt geschlossen und die verbliebenen rund 1.000 Objekte ausgelagert.
1955 wurde das Städtische Heimatmuseum im Vogthaus wiedereröffnet. Verantwortlich für die Konzeption zeichnete der ehrenamtliche Stadtarchivar Alfons Dreher, unterstützt von Albert Walzer vom Landesmuseum Stuttgart, die bereits ab Mitte der 1930er-Jahre die Federführung bei der Neuausrichtung des Museums innehatten. Spätgotische Deckenelemente und Wandvertäfelungen, Möbel und Inventar aus Ravensburger Bürgerhäusern sollten authentische Räumlichkeiten der reichsstädtischen Eliten vorstellen. Zunftscheiben und einige handwerkliche Gerätschaften veranschaulichten das städtische Handwerk. Der Aufbau der städtischen Sammlung blieb im Wesentlichen auf Schenkungen, Überlassungen oder Funde beschränkt.
Mit der hauptamtlichen Bestellung des Stadtarchivs wurde in den 1970er- und 1980er Jahren die Pflege der Sammlung, vor allem die Inventarisierung und Sicherung der teils noch in den Stadttürmen ausgelagerten Bestände bewerkstelligt. Das Bewusstsein für den Erhalt der Sammlung, aber auch für eine zeitgemäße, didaktische Aufbereitung und Präsentation der Bestände und der Stadtgeschichte wuchs.
Wie schon 100 Jahre vorher, war es seit den 1980er-Jahren wieder eine Initiative aus der Ravensburger Bürgerschaft, die den Weg zu einem neuen Museum vorbereitete: Die 1991 gegründete Museumsgesellschaft Ravensburg e.V. setzte sich für Förderung, Aufbau und Erhalt eines städtischen Museums im Humpis-Quartier ein. Mit dem Erwerb und der denkmalgerechten Umnutzung des Gebäudekomplexes an der oberen Marktstraße wurde die Neuausrichtung des Ravensburger Museums im 21. Jahrhundert schließlich realisierbar. 2001 beschloss der Ravensburger Gemeinderat mit großer Mehrheit die Einrichtung des Museums für städtische Geschichte und Kultur. Durch großzügige Schenkungen der früheren Eigentümer, der Familie Hindelang und Humpis-Wirt Heiner König, wurde die museale Sammlung um über 2.000 Objekte ergänzt.
In der Aufbauphase des Museums spendeten neben der Museumsgesellschaft auch zahlreiche Ravensburger*innen Objekte und Kunstwerke für ihr Museum. Seit 2009 präsentiert das Museum fast 1.000 Jahre Stadtgeschichte in einem der besterhaltenen spätmittelalterlichen Wohnquartiere in Süddeutschland.
Bereits 2013 waren über 250.000 Besucher im Museum. Im selben Jahr wurde das Museum Humpis-Quartier zum vorbildlichen Heimatmuseum ausgezeichnet. 2015 gewann es den ersten Lotto Museumspreis Baden-Württemberg.
